Porucznik Zebulon Pike opuścił Fort Bellefontaine 9 sierpnia 1805 r. z rozkazem znalezienia źródła Missisipi . 14 września 1805 r. dotarł do rzeki Missisipi w pobliżu wyspy numer 72 (na jego mapie), która pewnego dnia miała być Winoną, i zapisał swoje wrażenia w dzienniku. Dziennik Pike'a zawiera pierwszą wzmiankę o legendarnej Winonie , młodej kobiecie z plemienia Dakotów , która wybrała śmierć zamiast niechcianego adoratora. Imię pochodzi od słowa we-no-nah w języku Dakotów , oznaczającego "pierworodną córkę".

W 1851 roku wyspa Pike'a 72 została wybrana przez kapitana Orrina Smitha jako miejsce na miasto na zachodnim brzegu rzeki Missisipi. Przez ponad 25 lat Smith pływał rzeką między Galeną w stanie Illinois a Fort Snelling , obecnie w stanie Minnesota , jako właściciel i pilot statku rzecznego Nominee . Smith dowiedział się, że traktaty z Traverse des Sioux i Mendota ustanowią rezerwat we wnętrzu stanu i zdał sobie sprawę, że nastąpi napływ myśliwych, aby rozwijać miasta po wschodniej stronie rzeki. 15 października 1851 roku Smith wylądował na brzegu rzeki ze swoim cieślą, Erwinem Johnsonem, i dwoma innymi mężczyznami (Smithem i Stevensem) w celu roszczenia sobie tytułu do nabrzeża rzeki i otaczających go terenów preriowych. Kiedy teren miasta został wymierzony i wyznaczony w 1852 roku przez Johna Balla, zastępcę geodety Stanów Zjednoczonych , nadano mu nazwę "Montezuma", zgodnie z prośbą Johnsona i Smitha. Henry D. Huff kupił udziały w mieście w 1853 roku i za zgodą Smitha zmienił jego nazwę na Winona.

Miasto rozrastało się szybko w XIX wieku. Pierwotnymi osadnikami byli starzy imigranci z Nowej Anglii . ^{[ 1 ] [ 8 ]} Liczba ludności wzrosła z 815 w grudniu 1855 r. do 3000 w grudniu 1856 r. W 1856 r. przybyli również niemieccy imigranci. ^[ 8 ] Niemcy i Jankesi wspólnie sadzili drzewa i budowali przedsiębiorstwa zajmujące się drewnem, pszenicą, żeglugą parową i koleją. Razem odnieśli taki sukces, że przez pewien czas Winona miała więcej milionerów niż jakiekolwiek inne miasto tej wielkości w Stanach Zjednoczonych. ^[ 8 ] W 1860 r. Winona liczyła 2456 mieszkańców i była trzecim co do wielkości miastem w Minnesocie do końca lat 80. XIX wieku. Częścią wzrostu liczby ludności w 1856 r. był fakt, że roszczenia do ziemi stały się legalne w 1855 r. po zakończeniu pomiarów gruntów i otwarciu lokalnego federalnego urzędu ds. gruntów. W 1857 roku miasto uzyskało prawa miejskie.

Rok 1859 oznaczał przybycie do Winony pierwszej polskiej rodziny kaszubskiej - Bronksów. ^[ 9 ] Za nimi podążyło tak wielu innych Kaszubów, że Winona stała się największym amerykańskim ośrodkiem diaspory kaszubskiej . Na przełomie XIX i XX wieku, według szacunków kaszubskiego poety Hieronima Derdowskiego , który osiedlił się w Winonie i redagował gazetę Wiarus , 4000 z 5000 Polaków w Winonie (spośród jej całkowitej populacji liczącej prawie 20 000) było Kaszubami, co zyskało jej tytuł "Kaszubskiej stolicy Ameryki". ^[ 10 ] W miarę jak Kaszubi z Winony coraz bardziej aklimatyzowali się w amerykańskim społeczeństwie, zaczęli identyfikować się z o wiele liczniejszą grupą polskich Amerykanów . Dopiero niedawno, ^[ kiedy? ] dzięki wysiłkom Instytutu Kultury Polskiej i Muzeum , zaczęto odzyskiwać kaszubską kulturę Winony