W XIII i XIV wieku n.e. ludy Hohokam, Mogollon, Sinagua i Ancestral Puebloan doświadczyły okresu poważnego wyludnienia. ^[ 3 ] Chociaż dokładne przyczyny tego zjawiska nie są ostatecznie znane, jako czynnik napędowy sugerowano lokalne zmiany klimatyczne, w tym poważne susze i powodzie, podobnie jak wyczerpywanie się zasobów i wojny z nowo przybyłymi grupami w regionie. Tym razem nastąpiła migracja mówiących po atabaskańsku przodków Navajo i Apaczów z Gór Skalistych ^[ 13 ] , a także przodków Yavapai . [ ^14 ] Z kolei Hohokam, Mogollon, Sinagua i Ancestral Puebloan uważa się za przodków współczesnych ludów O'odham , Hopi i Zuni , chociaż trudno to ustalić z całą pewnością.

Kościół misji San Xavier del Bac , zbudowany pod koniec XVIII wieku w pobliżu Tucson

Pierwszymi Europejczykami, którzy przybyli na teren dzisiejszej Arizony byli Marcos de Niza w 1539 r. i Francisco Vázquez de Coronado w 1540 r. Obaj spotkali się z Zuni i napotkali opór. W drugiej połowie XVII wieku Imperium Hiszpańskie rozpoczęło szeroko zakrojoną eksplorację dzisiejszej Arizony, w tym utworzenie ponad dwudziestu misji w Pimería Alta przez Eusebio Kino w celu wprowadzenia chrześcijaństwa do lokalnej populacji Akimel i Tohono O'odham . ^[ 3 ]

W połowie XVIII wieku dziesięciolecia przemocy i wymuszonych zmian stylu życia spowodowanych kolonizacją hiszpańską doprowadziły do ??niezadowolenia wśród O'odhamów, którzy w 1751 roku wzniecili powstanie Pima pod przywództwem Luisa Oacpicagigui . ^[ 15 ] Pod koniec XVIII wieku doszło do intensywnego buntu Apaczów przeciwko hiszpańskim rządom, szczególnie w latach 70. XVIII wieku, co doprowadziło do rozbudowy presidios na terenie dzisiejszej Arizony, w tym Presidio San Agustín del Tucsón . ^[ 16 ] Pod koniec lat 80. XVIII wieku presidios zaczęły wydawać racje żywnościowe Apaczom, co zmniejszyło skalę konfliktu.

W 1821 roku, po zakończeniu wojny o niepodległość Meksyku, kontrola nad obecną Arizoną przeszła z rąk Hiszpanów w ręce nowo utworzonego Imperium Meksykańskiego , co doprowadziło do wycofania wojsk hiszpańskich i ostatecznego porzucenia wszystkich misji poza Mission San Xavier del Bac w pobliżu Tucson . Zakończenie polityki hiszpańskiej, która doprowadziła do względnego pokoju z Apaczami, ponownie rozpaliło konflikt, prowadząc do dziesięcioleci krwawych wojen Apaczów z Meksykiem

Żołnierz USA stoi na straży ludu Navajo podczas długiego marszu

Większość Arizony, wówczas części Nowego Meksyku , znalazła się pod administracją Stanów Zjednoczonych pod koniec lat czterdziestych XIX wieku w wyniku amerykańskiego zwycięstwa w wojnie amerykańsko-meksykańskiej ; najbardziej wysunięta na południe część stanu, w tym Tucson, została zakupiona przez Stany Zjednoczone w 1854 roku. Niedługo po przejęciu kontroli nad tym obszarem rząd Stanów Zjednoczonych zbudował serię fortów wojskowych, aby egzekwować swoją władzę nad ludnością tubylczą; pierwszy z nich, Fort Defiance , został założony na terytorium Navajo w 1851 roku. ^[ 17 ] Po serii konfliktów, w tym drugiej bitwie pod Fort Defiance w 1860 roku , dowódca wojskowy Terytorium Nowego Meksyku, James H. Carleton , i pułkownik Kit Carson rozpoczęli nieustępliwą kampanię przeciwko Navajo. Po kapitulacji w 1864 roku, oni, wraz z Apaczami Mescalero , zostali zmuszeni do migracji ze swojej ziemi w dzisiejszej Arizonie do obozów internowania w Fort Sumner /Bosque Redondo, w akcie czystek etnicznych , który stał się znany jako Długi Marsz . Szacuje się, że setki Navajo zginęło podczas samej migracji, a ponad 2000 zmarło z powodu złych warunków w Bosque Redondo. ^[ 18 ] Trudności armii w zarządzaniu rezerwatem skłoniły ją do wynegocjowania Traktatu z Bosque Redondo z 1868 roku z Navajo, który pozwolił im powrócić na swoją ziemię w zamian za utworzenie tam oddzielnego rezerwatu.

Rząd USA również zaangażował się w szereg konfliktów z Apaczami. Trwające prawie czterdzieści lat, między 1849 a 1886 rokiem, wojny Apaczów pozostają najdłuższym konfliktem zbrojnym w historii USA. ^[ 19 ] Chociaż konflikt wybuchł wcześniej w Nowym Meksyku, walki na terenie dzisiejszej Arizony zostały wywołane przez aferę Bascoma w 1861 roku . Kampanie USA przeciwko Apaczom, a także Yavapai, trwały przez dziesięciolecia; były szczególnie intensywne po zakończeniu wojny secesyjnej , gdy do jednej czwartej wszystkich wojsk USA stacjonowało na południowym zachodzie. ^[ 3 ] Tohono O'odham, którzy sami byli wrogo nastawieni do Apaczów co najmniej od końca XVII wieku, byli okazjonalnymi sojusznikami Amerykanów, jak na przykład w 1871 roku, gdy koalicja O'odhamów i amerykańskich osadników przeprowadziła masakrę 144 Apaczów w Camp Grant . Formalny koniec wojen Apaczów nie jest jasno określony; choć często podaje się rok 1886, w którym przywódca Apaczów Geronimo poddał się Amerykanom, a wielu Apaczów Chiricahua deportowano na Florydę , sporadyczne walki trwały aż do początku XX wieku.

Jadalnia w Phoenix Indian School

Oprócz bezpośrednich konfliktów, inne aspekty polityki Stanów Zjednoczonych wobec rdzennych ludów miały głęboki wpływ na styl życia rdzennych mieszkańców Arizony. Utworzenie rezerwatów, począwszy od społeczności indiańskiej Gila River w 1859 r., czasami wiązało się z przesiedleniem rdzennych grup z dala od ich tradycyjnych ziem. ^[ 20 ] W drugiej połowie XIX wieku ustanowiono również system szkół z internatem dla Indian amerykańskich , w tym Phoenix Indian School , założoną w 1891 r. Polityka szkolna, której celem była przymusowa asymilacja dzieci rdzennych mieszkańców Arizony do kultury amerykańskiej , zabraniała używania języków i ubrań tubylczych oraz oddzielała dzieci od tego samego plemienia.