Założony w 1846 roku jako Fort Lewis i przeniesiony 15 mil w dół rzeki w 1847 roku przez Alexandra Culbertsona , który pracował dla Auguste'a Chouteau i Pierre'a Chouteau Jr. z St. Louis , pierwotny fort był ostatnim punktem handlu futrami na górnym biegu rzeki Missouri , ^{[ 5 ] [ 6 ]} co wkrótce uczyniło go ważnym ośrodkiem gospodarczym. Przez 30 lat port przyciągał statki parowe przewożące towary, kupców, górników złota i osadników przybywających z Nowego Orleanu , Memphis , St. Louis , Hannibal , Bismarck i Kansas City , między innymi. ^[ 5 ] Jako wschodni koniec 642-milowej drogi Mullan Road , ukończonej przez armię Stanów Zjednoczonych w 1860 roku i na czele żeglugi na rzece Missouri, Fort Benton był częścią połączenia lądowego między Missouri a rzeką Kolumbia , z własnym przyczółkiem żeglugowym w Fort Walla Walla w stanie Waszyngton. W pierwszym roku drogi tej używało dwadzieścia tysięcy migrantów, aby podróżować na północny zachód. Stała się ona ważnym szlakiem dla górników z obu kierunków, udających się do wnętrza Idaho ^{[ 7 ] [ 8 ]} i na północ do Kanady. ^[ 9 ] Podróż parowcem do Fort Benton z St. Louis w stanie Missouri pomogła szeroko napędzać rozwój amerykańskiego Zachodu w latach 1860-1890, kiedy to została wyparta przez transport kolejowy. Rzeka stanowiła ważny szlak dla górników docierających do nowo odkrytych złóż złota w południowej Montanie, na terenie których od 1862 r. powstały miasta Bannack i Virginia City , a od 1865 r. - Helena .

Wraz ze spadkiem handlu futrami, American Fur Company sprzedała fort Northwest Fur Company w 1865 roku, a fort stał się posterunkiem armii USA od 1868 roku aż do opuszczenia go przez jednostki armii w 1881 roku. Założyciel Alexander Culbertson oficjalnie nazwał go Fort Benton w Boże Narodzenie 1850 roku, na cześć senatora Thomasa Harta Bentona z Missouri. ^[ 10 ] Począwszy od wczesnych lat 60. XIX wieku, wraz z przybyciem pierwszych statków parowych, wokół fortu zaczęło rozwijać się miasto. Oprócz tego, że był jednym z najważniejszych portów w systemie rzecznym Missouri-Missisipi, Fort Benton był kiedyś "najbardziej wewnętrznym portem świata" - najdalszym punktem żeglownej wody na rzece Missouri. ^[ 8 ] Pływały po niej liczne znane "statki górskie" (zaprojektowane specjalnie do żeglugi po rzece Missouri), w tym Yellowstone i Far West , a ich słynni kapitanowie, odpowiednio Joseph LaBarge i Grant Marsh . ^{[ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]}

Znaczenie Fortu Benton w handlu zostało zastąpione przez budowę transkontynentalnych linii kolejowych pod koniec XIX wieku. W 1867 roku Fort Benton był miejscem, w którym generał Unii Thomas Francis Meagher , pełniący wówczas obowiązki gubernatora Terytorium Montany, wypadł za burtę ze swojego parowca i utonął w rzece; jego ciała nigdy nie odnaleziono.

Konflikt z Indianami