30 marca 1743 roku Francois i Louis-Joseph Gaultier de La Vérendrye dotarli na teren dzisiejszego Fort Pierre podczas ekspedycji na zachód od Quebecu, francuskiej kolonii w dzisiejszej Kanadzie. ^[ 6 ] Pozostawili zakopaną w wzgórzu ołowianą płytę, aby ogłosić prawo do tego terenu dla króla Francji. ^[ 7 ] W 1803 roku , w wyniku zakupu Luizjany , Stany Zjednoczone nabyły ten obszar i resztę rozległego terytorium Francji na zachód od rzeki Missisipi.

Prezydent Thomas Jefferson zlecił Lewis and Clark Corps of Discovery Expedition w 1804 r. zbadanie terytorium, szczególnie poprzez podróż na zachód do górnych rzek Missouri i Platte, w nadziei na znalezienie drogi wodnej do Oceanu Spokojnego . Spotkali się z Teton Sioux na południowym brzegu ujścia rzeki Bad w dniach 24-28 września 1804 r.

W 1817 roku handlarz futrami Joseph La Framboise Jr., agent American Fur Company , założył Fort Tecumseh milę na północ, na terenie dzisiejszej wyspy La Framboise na rzece Missouri. Handel futrami był bardzo dochodowy i przyciągał konkurentów. W 1832 roku Pierre Chouteau Jr. , główny handlarz futrami z St. Louis , zastąpił ten wczesny obiekt Fort Pierre Chouteau , placówką handlową i fortem po zachodniej stronie Missouri i północnej stronie ujścia rzeki Bad.

Miasto Fort Pierre stopniowo rozwijało się wokół placówki handlowej. Fort Pierre obchodziło dwusetną rocznicę w 2017 r., zaznaczając 200 lat nieprzerwanego stałego osadnictwa u zbiegu rzek Missouri i Bad.

W 1880 roku osada Pierre została założona na wschodnim brzegu rzeki Missouri w Hughes . Ponieważ była położona centralnie i docierała tam pierwsza linia kolejowa, została wyznaczona przez stanowy parlament jako stolica stanu, gdy Dakota Południowa została przyjęta jako stan.