Budowa

Generał Winfield S. Hancock

Rozkazy wojskowe na budowę nowego fortu, który miał zastąpić Fort Ellsworth, zostały wydane przez generała Winfielda S. Hancocka, dowódcę Dywizji Missouri, 17 listopada 1866 roku.
Nowy fort miałby się znajdować około 1,6 km (0,99 mili) na północny wschód od Fort Ellsworth. Budowa mogła rozpocząć się przed oficjalnym rozkazem, ponieważ Fort Ellsworth miał mistrza ciesielskiego, mistrza murarskiego, pięciu cieśli i czternastu murarzy w personelu już we wrześniu 1866 roku. Na podstawie liczby cywilnych wykonawców na liście płac fortu, główna budowa obiektu została prawdopodobnie ukończona latem 1867 roku. W czerwcu 1867 roku pozostałe budynki w starym Forcie Ellsworth zostały wydane na rozkaz zburzenia.
Fort Ellsworth został sprzedany deweloperom i stał się miastem Ellsworth w stanie Kansas

Niedługo po zakończeniu głównych prac budowlanych do Fort Harker dotarła kolej. Union Pacific Eastern Division ukończyła linię do Fort Harker w lipcu 1867 roku. Linia kolejowa przebiegała przez fort, a tuż za nim utworzono skład. Obok linii zbudowano dwa duże magazyny , które stały się główną trasą zaopatrzeniową fortu.
Pod koniec 1867 roku fort obsługiwał garnizon czterech kompanii, skład zaopatrzeniowy i ponad 75 budynków.

Chociaż w samym forcie nigdy nie rozegrały się żadne bitwy, wojska stacjonujące w Forcie Harker brały udział w trwających wojnach z Indianami pomiędzy Armią Stanów Zjednoczonych a tubylcami Wielkich Równin . Wojska stacjonujące w Forcie Harker w 1867 r. wykonały więcej eskort taborów w ciągu jednego roku niż wojska stacjonujące w jakimkolwiek innym forcie granicznym w erze powojennej. Gdy w 1867 r. do fortu dotarła kolej, potrzeba patroli eskortowych zaczęła przesuwać się na zachód, a w 1868 r. podstawowa rola Fortu Harker zmieniła się na skład zaopatrzenia i miejsce postoju wojsk.